住宅ローン控除の初年度の確定申告は、会社員ならまず「源泉徴収票の内容を入力する」ところから始まります。国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で給与所得を入力し、そのあとに住宅借入金等特別控除の入力へ進む流れです。ここでは、手元の源泉徴収票をどう見て、どの数字をどこに入れるのかを、はじめて申告する方に向けて順番に説明します。
なお住宅ローン控除は、年末の住宅ローン残高の0.7％を、所得税（引ききれない分は一部住民税）から差し引ける制度です（2022年・令和4年以降に入居した場合。それ以前に入居した方は当時の制度（控除率1％など）が適用されます）。制度そのものの内容は住宅ローン控除とは？会社員が確定申告で所得税を取り戻す方法で解説しています。
※確定申告書等作成コーナーの画面デザインや文言は毎年更新されます。本記事では大まかな流れを解説しますので、実際の入力は画面の案内に沿って進めてください。
確定申告前の事前準備
確定申告は、税務署に出向かなくても、国税庁の確定申告書等作成コーナーを使ってインターネット上で手続きができます。現在はパソコンだけでなくスマートフォンからの申告にも対応しており、マイナンバーカードがあればe-Tax（電子申告）でそのまま送信まで完結できます。マイナポータルと連携すると、生命保険料控除証明書などの一部データを自動で取り込むこともできます。
事前に用意しておく主な書類は次のとおりです。
・勤務先から受け取った源泉徴収票
・住宅ローンの年末残高を確認できる書類（年末残高証明書など。※後述の「調書方式」に対応した金融機関では不要になる場合があります）
・売買契約書や登記事項証明書など住宅・土地に関する書類
・マイナンバーカード（e-Taxで送信する場合）
年末残高証明書が届かない？「調書方式」への切り替えが進んでいます
令和4年度の税制改正で、金融機関が税務署に「年末残高調書」を提出し、国税当局から納税者へ年末残高情報が提供される「調書方式」が導入されました。この方式に対応した金融機関から借りている場合は、金融機関に「住宅ローン控除の適用申請書」を出しておくことで、確定申告書への年末残高等証明書の添付が不要になります（国税庁「マイホームを持ったとき」／2026年9月確認）。
対象は原則として令和5年1月1日以後に居住を開始した方ですが、実務上は準備が整った金融機関から順に移行しているため、移行していない金融機関では従来どおり年末残高証明書が届きます。「証明書が届かない」と慌てる前に、借入先がどちらの方式かを確認しておきましょう（国税庁「住宅ローン控除の適用に係る手続（年末残高調書を用いた方式）に関するよくある質問」）。
事前準備の進め方は確定申告書等作成コーナーで住宅ローン控除を申告する方法【現行手順】もあわせてご覧ください。今回は、これらの事前準備が完了した後、実際に確定申告書へ入力を行うところから紹介します。
給与所得（源泉徴収票）の内容を入力する
事前準備が完了したら、確定申告書に必要な情報を入力していきます。会社員の場合は、はじめに給与所得の内容を入力します。手元に、勤務先からもらった源泉徴収票を準備しましょう。
1.支払金額と源泉徴収税額を入力する
作成コーナーの案内に沿って、源泉徴収票の「支払金額」「所得控除の額の合計額」「源泉徴収税額」を、画面の該当欄にそのまま転記します。画面には源泉徴収票のどの欄を見ればよいかが図解で示されますので、数字を1桁も間違えないよう、源泉徴収票の記載どおりに入力することがポイントです。
ここでつまずきやすいのが、「支払金額」を手取り額と勘違いしてしまうケースです。支払金額は税金や社会保険料が引かれる前の年収ですので、通帳の入金額とは一致しません。源泉徴収票に書かれている数字をそのまま写す、と覚えておけば大丈夫です。
2.控除や扶養親族などの情報を入力する
続いて、源泉徴収票に記載がある場合は、社会保険料等の金額、生命保険料・地震保険料の控除額、16歳未満の扶養親族の数などを、記載のとおりに入力します。2年目以降の方で年末調整により住宅借入金等特別控除の適用を受けている場合は、源泉徴収票の「住宅借入金等特別控除の額」欄の内容も画面の案内に沿って入力します（初年度の申告では、住宅ローン控除はこの後の「(特定増改築等)住宅借入金等特別控除」の画面で入力します）。
3.給与の支払者（勤務先）の情報を入力する
源泉徴収票に記載されている勤務先の名称・住所を入力します。すべての入力が終わると入力内容の確認画面が表示されますので、源泉徴収票と見比べて間違いがないことを確認してから次へ進みます。
医療費控除額を入力する
医療費控除を適用する場合のみになりますが、医療費控除の申請方法についてもあわせて紹介します。生計を共にする配偶者や親族のために支払った医療費が、原則として年間10万円（総所得金額等が200万円未満の方はその5％）を超える場合、超えた部分について控除の申請ができます（上限200万円）。
給与所得の入力が完了した後、所得控除の入力画面で医療費控除の「入力する」ボタンを選択します。
最初に、医療費控除とセルフメディケーション税制のどちらを適用するかを選択します。医療費控除は病院での診療費や薬局の調剤費などが対象で、セルフメディケーション税制は健康診断や予防接種などの一定の取組を行っている方が、対象の市販薬（スイッチOTC医薬品等）を年間1万2千円を超えて購入した場合に、超えた部分（上限8万8千円）を所得から差し引ける制度です。対象期間は令和8年（2026年）12月31日までとされています（国税庁 No.1129／2026年9月時点）。
両者は併用できず、どちらか一方の選択適用です。しかも、いったん選んで申告すると、あとから更正の請求や修正申告でもう一方に変更することはできません。医療費が10万円を超えそうなら医療費控除、市販薬の購入が中心なら特例、というように、レシートを集計してから決めましょう。
医療費の入力方法は、領収書から1件ずつ入力する方法、「医療費集計フォーム」（エクセル形式）を読み込む方法、医療費の合計額のみを入力する方法、健康保険組合などから送付される「医療費通知（医療費のお知らせ）」を利用する方法などから選べます。
おすすめは医療費集計フォームを使う方法です。医療費を支払った都度フォームに入力しておき、申告の際にそのファイルを読み込めば、明細を1件ずつ画面に入力する手間が省けます。医療費集計フォームは確定申告書等作成コーナーからダウンロードできます。なお、医療費の領収書は提出不要ですが、自宅で5年間保存する必要がありますので捨てずに保管しておきましょう。
読み込みまたは入力が完了すると内容の一覧と計算結果が表示されますので、確認して次へ進めば医療費控除の入力は終了です。
医療費控除の入力が完了した後は、いよいよ住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）の入力に移ります。入力手順は【住宅ローン控除】確定申告書に住宅借入金等特別控除を入力する手順で詳しく解説しています。
Q. 源泉徴収票はどこから手に入れますか？なくした場合は？
A. 勤務先から交付されます。年末調整のあと、12月から1月にかけて配られるのが一般的です。紛失した場合は勤務先に再発行を依頼します。転職した年は、前職と現職の両方の源泉徴収票が必要です。
Q. 会社員でも住宅ローン控除の確定申告は必要ですか？
A. 初年度は必要です。給与所得者でも、控除を受ける最初の年分は確定申告をする必要があり、2年目以降は年末調整で適用を受けられます。
Q. 年末残高証明書が届かないのですが、申告できませんか？
A. 借入先が「調書方式」に対応している場合、証明書は発行されず、国税当局から提供される年末残高情報を使います。適用申請書を金融機関に提出済みかを確認し、マイナポータル連携などの事前準備をしておきましょう。
Q. 医療費控除と住宅ローン控除は一緒に申告できますか？
A. できます。同じ確定申告のなかで、給与所得→医療費控除→住宅借入金等特別控除の順に入力していきます。別々に申告する必要はありません。
なお、住宅ローン控除の制度内容（控除率・借入限度額・適用期限など）は税制改正により変わることがあります。2026年度（令和8年度）税制改正では適用期限が延長され、2030年末（令和12年12月31日）までに入居した場合も適用できることとされました。入居年ごとの条件や必要書類は住宅ローン控除の確定申告｜2026年入居の条件・書類・やり方で整理していますが、最新の制度内容は国税庁・国土交通省のホームページでご確認ください。
