住宅ローン控除2年目以降の年末調整｜必要書類2つと書き方

住宅ローン控除の2年目以降は、確定申告をしなくても勤務先の年末調整で控除を受けられます。会社に出すのは、税務署から届く「住宅借入金等特別控除申告書」と、金融機関が発行する「年末残高等証明書」の2つです（借入先が「調書方式」に移行していれば、証明書の提出は不要です）。

提出を忘れると、その年の控除を年末調整で受けられず、自分で確定申告をし直すことになります。秋に勤務先から年末調整の案内が届いたら、この記事を見ながら準備してみてください。

住宅ローン控除は2年目から年末調整で受けられる

自宅を購入して住宅ローンを組むと、「住宅ローン控除」（住宅借入金等特別控除）で所得税が戻ってきます。家を買うときに不動産会社から何度も説明を受けた、という方も多いでしょう。

この控除を受けるには、初年度だけは自分で確定申告をする必要があります。初年度の手続きの流れは住宅ローン控除の確定申告（条件・書類・やり方）で詳しく解説しています。

会社員の方は、2年目からは勤務先の年末調整で控除を受けるため、いくつかの書類を会社に提出します。ところが、「何をどう書いて出せばいいのか分からない」「国税庁のホームページは専門用語ばかりで読みにくい」という声も少なくありません。

なお、控除の中身は何度か改正されています。令和4年（2022年）以降に入居した場合は控除率が年末残高等の0.7%で、対象となる入居期間は令和12年（2030年）12月31日までに延長されています。控除期間は新築・買取再販住宅が原則13年間、中古住宅は10年間ですが、令和8年（2026年）以降に入居した中古住宅のうち、認定住宅・ZEH水準省エネ住宅・省エネ基準適合住宅は13年間に延びました。

適用を受ける年の合計所得金額が2,000万円以下（床面積40㎡以上50㎡未満の住宅は1,000万円以下）であることも要件のひとつで、住宅の省エネ性能や入居した年によって借入限度額も変わります（出典：国税庁タックスアンサーNo.1211-1）。控除が何年続くかは住宅ローン控除は何年間受けられるかでも整理しています。ご自身の条件は、初年度の確定申告書や税務署から届く書類で確認しておきましょう。

2年目以降の年末調整に必要な書類は2つ

2年目以降の年末調整で会社に提出するのは、基本的に次の2つです。

(1)税務署から届く「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書 兼 給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」：初年度の確定申告を済ませると、控除が受けられる残りの年数分がまとめて税務署から郵送されてきます。毎年の年末調整のときに、その年分の1枚に記入して会社に提出します。

枚数が多いので、なくさないように大切に保管しましょう。用紙の下半分は「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書」として税務署側で印字済みで、自分で書くのは上半分だけです。

(2)金融機関が発行する「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」：住宅ローンを借りている金融機関（複数から借りている場合はそのすべて）から、例年秋ごろまでに届く書類です。これをそのまま会社に提出します。返済予定表（償還表）と間違えやすいので注意しましょう。

【重要】残高証明書が要らないケースが増えています

令和4年度の税制改正で、金融機関が税務署へ「年末残高等調書」を提出し、国税当局から本人へ年末残高情報が提供される「調書方式」が導入されました。法令上は居住開始が令和5年（2023年）1月1日以後の人が、令和6年（2024年）1月1日以後に行う確定申告・年末調整から対象です。

ただし金融機関のシステム対応の都合で経過措置が設けられており、実際に移行しているかは借入先によって異なります。借入先が調書方式に移行していれば、紙の年末残高証明書は発行されず、勤務先への提出も不要です（申告書そのものは、これまでどおり勤務先へ提出します）。

移行していない金融機関から借りている場合は、従来どおり証明書を提出します。対応済みの金融機関は国税庁ホームページの一覧で公表されているので、「今年は証明書が届かない」と慌てる前に確認してみてください。

住宅借入金等特別控除申告書の書き方

「給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」は、自分で記入して会社に提出します。書き方は次のとおりです。

まず、用紙のいちばん上の「令和◯年分」が、その年の年末調整の年分と合っているかを確認します。1枚＝1年分なので、まとめて届いた束から違う年の用紙を出してしまうミスが起きやすい部分です。

• 新築又は購入に係る借入金等の年末残高…金融機関から届いた年末残高等証明書の金額を転記します（調書方式の場合は、国税当局から提供される年末残高情報の金額を使います）。夫婦や親子の連帯債務・ペアローンでは、自分の負担割合に応じた金額になる点に注意しましょう。
• 家屋又は土地等の取得対価の額…下半分に印字されている金額をそのまま転記します。
• 居住用部分の割合…店舗兼住宅などでなければ100%と記入します。
• 住宅借入金等特別控除額…用紙に記載されている計算式のとおりに計算し、100円未満の端数は切り捨てます。
• 年間所得の見積額…収入ではなく「所得」を書きます。分からない場合は勤務先の給与担当に確認しましょう。

年末調整の電子化が進んでおり、勤務先によってはこの申告書を紙ではなくデータで提出する運用になっていることがあります。自社の締切と提出方法は、早めに確認しておくと安心です。

こんなときどうする？（紛失・間に合わない・出し忘れ）

申告書をなくしてしまった……税務署に申請すれば再交付を受けられます。手続きの方法や必要なものは、所轄の税務署に問い合わせて確認しましょう。年末調整の直前は混み合うので、気づいた時点で早めに動くのが安全です。

残高証明書が年末調整に間に合わない……年の途中で借り換えた場合などは、証明書の到着が遅れることがあります。この場合は確定申告で控除を受ける方法が用意されています（国税庁タックスアンサーNo.1211-1のQ&A参照）。

会社に出し忘れた／年末調整で控除されていなかった……あきらめる必要はありません。自分で確定申告（還付申告）をすれば控除を受けられます。還付申告は、その年の翌年1月1日から5年間行うことができます。過去の分に気づいたときも、まずは税務署に相談してみましょう。

よくある質問

Q. 2年目以降も確定申告が必要ですか？

A. 勤務先で年末調整を受ける会社員なら不要です。ただし、医療費控除やふるさと納税（ワンストップ特例を使わない場合）などで確定申告をする年は、住宅ローン控除もあわせて申告します。

Q. 年末残高証明書が届きません。手続きを忘れているのでしょうか？

A. 借入先が「調書方式」に移行していると、紙の証明書は送られてきません。まず国税庁ホームページの対応金融機関一覧や、借入先の案内を確認してください。移行していないのに届かない場合は、金融機関に再発行を依頼しましょう。

Q. 繰上返済をしたら控除はどうなりますか？

A. 控除額は年末時点のローン残高をもとに計算されるため、翌年以降の控除額は小さくなります。また、繰上返済で当初からの返済期間が10年未満になると、以後は控除の対象外になるので注意しましょう。

Q. 住宅ローンを借り換えたら控除は続きますか？

A. 要件を満たせば継続できます。ただし新しいローンの残高や返済期間によって扱いが変わるため、借り換え前に国税庁タックスアンサー（No.1233 住宅ローン等の借換えをしたとき）や税務署で確認しておくと安心です。

Q. 転勤で家族を残して単身赴任になったら、控除は受けられますか？

A. 一定の条件を満たせば継続できる場合があります。本人・家族とも住まなくなる場合は扱いが変わるため、国税庁の案内（No.1234 転勤と住宅借入金等特別控除等）で確認しましょう。

控除の限度額や必要書類の全体像は、住宅ローン控除の流れと必要書類でもまとめています。住宅ローン控除は、書類さえそろえば毎年の年末調整で控除が受けられる、家計にとって心強い制度です。制度や手続きは改正されることがあるため、その年の取り扱いは国税庁ホームページや所轄の税務署でご確認ください。